/* These are the size parameters currently used by Mark Gerstein's protein analysis programs. General references for my program systems and parameters are: Y Harpaz, M Gerstein, & Chothia (1994). "Volume Changes on Protein Folding," Structure 2: 641-649. M Gerstein & R Lynden-Bell (1993). "Simulation of Water around a Model Protein Helix. 2. The Relative Contributions of Packing, Hydrophobicity, and Hydrogen-Bonding," Journal of Physical Chemistry 97: 2991-2999. */ /* We use CHC_RADII currently */ /* ATOM_TYPE VDW_RADIUS COVALENT_RADIUS CHARGE */ #define RICHARDS_RADII "\ C4 0.00 0.77\n\ C4H 2.00 0.77\n\ C4HH 2.00 0.77\n\ CPRO 2.00 0.77\n\ C4HHH 2.00 0.77\n\ C3 1.70 0.77\n\ C3H 1.85 0.77\n\ C3HH 1.85 0.77\n\ OWAT 1.40 0.77\n\ OW 1.40 0.77\n\ O1 1.40 0.66\n\ O2H 1.60 0.66\n\ O1O2H 1.50 0.66\n\ N4 0.00 0.70\n\ N4H 2.00 0.70\n\ N4HH 2.00 0.70\n\ N4HHH 2.00 0.70\n\ N3 1.50 0.70\n\ N3H 1.70 0.70\n\ N3HH 1.80 0.70\n\ S2 1.85 1.04\n\ S2H 2.00 1.04\n\ P4 0.00 1.10\n\ O1N3HH 1.60 0.68\n\ Z2ION 0.74 0.74\n\ FE 1.70 0.70\n\ DEFAULT 1.80 0.77\n\ " #define CHC_RADII "\ C4 0.00 0.77\n\ C4H 1.87 0.77\n\ C4HH 1.87 0.77\n\ CPRO 1.87 0.77\n\ C4HHH 1.87 0.77\n\ C3 1.76 0.77\n\ C3H 1.76 0.77\n\ C3HH 0.0 0.77\n\ OWAT 1.40 0.77\n\ OW 1.40 0.77\n\ O1 1.40 0.66\n\ O2H 1.40 0.66\n\ O1O2H 1.40 0.66\n\ N4 0.00 0.70\n\ N4H 1.50 0.70\n\ N4HH 1.50 0.70\n\ N4HHH 1.50 0.70\n\ N3 1.5 0.70\n\ N3H 1.65 0.70\n\ N3HH 1.65 0.70\n\ S2 1.85 1.04\n\ S2H 1.85 1.04\n\ P4 0.00 1.10\n\ O1N3HH 1.60 0.68\n\ Z2ION 0.74 0.74\n\ FE 1.70 0.70\n\ DEFAULT 1.80 0.77\n\ " #define NUCPROT_RADII "\ C3H0s 1.61 0.72\n\ C3H0b 1.61 0.72\n\ C3H1t 1.76 0.68\n\ C3H1s 1.76 0.68\n\ C3H1b 1.76 0.68\n\ C3H2u 1.76 0.77\n\ C4H1s 1.88 0.78\n\ C4H1b 1.88 0.78\n\ C4H2s 1.88 0.76\n\ C4H2b 1.88 0.76\n\ C4H3u 1.88 0.74\n\ N2H0s 1.64 0.64\n\ N2H0b 1.64 0.64\n\ N3H0u 1.64 0.69\n\ N3H1s 1.64 0.67\n\ N3H1b 1.64 0.67\n\ N3H2u 1.64 0.61\n\ N4H3u 1.64 0.73\n\ O1H0u 1.42 0.52\n\ O2H0s 1.50 0.65\n\ O2H0b 1.62 0.65\n\ O2H1u 1.46 0.65\n\ O2H2u 1.46 0.66\n\ S2H0u 1.77 1.04\n\ S2H1u 1.77 1.04\n\ P4H0u 1.82 0.97\n\ O1N3HH 1.60 0.68\n\ Z2ION 0.74 0.74\n\ FE 1.70 0.70\n\ MGION 1.59 0.70\n\ DEFAULT 1.70 0.77\n\ " /* Residues are seperated by blank lines. The number of atoms is the number of atoms the residue may have, not neccesarily the same as the number of atoms defined here, because the rest maybe defined elsewhere. REDIDUE_NAME ATOM_NUMBER ATOM_NMAE ATOM_TYPE [ VDW_RADIUS ] [ COVALENT_RADIUS ] [ CHARGE ] .... REDIDUE_NAME ATOM_NUMBER ATOM_NMAE ATOM_TYPE [ VDW_RADIUS ] [ COVALENT_RADIUS ] [ CHARGE ] .... */ #define DEFAULT_RESIDUES "\ U 20\n\ N1 N3H0u\n\ C2 C3H0s\n\ O2 O1H0u\n\ N3 N3H1s\n\ C4 C3H0s\n\ O4 O1H0u\n\ C5 C3H1b\n\ C6 C3H1t\n\ C1* C4H1b\n\ C2* C4H1s\n\ C3* C4H1s\n\ C4* C4H1b\n\ O2* O2H1u\n\ O3* O2H0b\n\ O4* O2H0s\n\ C5* C4H2s\n\ O5* O2H0b\n\ P P4H0u\n\ O1P O1H0u\n\ O2P O1H0u\n\ \n\ A 22\n\ N1 N2H0s\n\ C2 C3H1s\n\ N3 N2H0b\n\ C4 C3H0s\n\ C5 C3H0s\n\ C6 C3H0s\n\ N6 N3H2u\n\ N7 N2H0b\n\ C8 C3H1s\n\ N9 N3H0u\n\ C1* C4H1b\n\ C2* C4H1s\n\ C3* C4H1s\n\ C4* C4H1b\n\ O2* O2H1u\n\ O3* O2H0b\n\ O4* O2H0s\n\ C5* C4H2s\n\ O5* O2H0b\n\ P P4H0u\n\ O1P O1H0u\n\ O2P O1H0u\n\ \n\ G 23\n\ N1 N3H1s\n\ C2 C3H0s\n\ N2 N3H2u\n\ N3 N2H0b\n\ C4 C3H0s\n\ C5 C3H0s\n\ C6 C3H0s\n\ O6 O1H0u\n\ N7 N2H0b\n\ C8 C3H1s\n\ N9 N3H0u\n\ C1* C4H1b\n\ C2* C4H1s\n\ C3* C4H1s\n\ C4* C4H1b\n\ O2* O2H1u\n\ O3* O2H0b\n\ O4* O2H0s\n\ C5* C4H2s\n\ O5* O2H0b\n\ P P4H0u\n\ O1P O1H0u\n\ O2P O1H0u\n\ \n\ C 20\n\ N1 N3H0u\n\ C2 C3H0s\n\ O2 O1H0u\n\ N3 N2H0s\n\ C4 C3H0s\n\ N4 N3H2u\n\ C5 C3H1b\n\ C6 C3H1t\n\ C1* C4H1b\n\ C2* C4H1s\n\ C3* C4H1s\n\ C4* C4H1b\n\ O2* O2H1u\n\ O3* O2H0b\n\ O4* O2H0s\n\ C5* C4H2s\n\ O5* O2H0b\n\ P P4H0u\n\ O1P O1H0u\n\ O2P O1H0u\n\ \n\ GLY 4\n\ O O1H0u\n\ C C3H0b\n\ CA C4H2s\n\ N N3H1s\n\ \n\ ALA 5\n\ O O1H0u\n\ C C3H0s\n\ CA C4H1b\n\ N N3H1s\n\ CB C4H3u\n\ \n\ VAL 7\n\ O O1H0u\n\ C C3H0s\n\ CA C4H1s\n\ N N3H1s\n\ CB C4H1b\n\ CG1 C4H3u\n\ CG2 C4H3u\n\ \n\ LEU 8\n\ O O1H0u\n\ C C3H0s\n\ CA C4H1s\n\ N N3H1s\n\ CB C4H2s\n\ CG C4H1b\n\ CD1 C4H3u\n\ CD2 C4H3u\n\ \n\ ILE 8\n\ O O1H0u\n\ C C3H0s\n\ CA C4H1s\n\ N N3H1s\n\ CB C4H1b\n\ CG1 C4H2b\n\ CG2 C4H3u\n\ CD1 C4H3u\n\ \n\ \n\ PRO 7\n\ O O1H0u\n\ C C3H0s\n\ CA C4H1b\n\ N N3H0u\n\ CB C4H2b\n\ CG C4H2b\n\ CD C4H2s\n\ \n\ MET 8\n\ O O1H0u\n\ C C3H0s\n\ CA C4H1s\n\ N N3H1s\n\ CB C4H2s\n\ CG C4H2b\n\ SD S2H0u\n\ CE C4H3u\n\ \n\ PHE 11\n\ O O1H0u\n\ C C3H0s\n\ CA C4H1s\n\ N N3H1s\n\ CB C4H2s\n\ CG C3H0b\n\ CD1 C3H1s\n\ CD2 C3H1b\n\ CE1 C3H1b\n\ CE2 C3H1b\n\ CZ C3H1b\n\ \n\ TYR 12\n\ O O1H0u\n\ C C3H0s\n\ CA C4H1s\n\ N N3H1s\n\ CB C4H2s\n\ CG C3H0b\n\ CD1 C3H1s\n\ CD2 C3H1s\n\ CE1 C3H1s\n\ CE2 C3H1s\n\ CZ C3H0b\n\ OH O2H1u\n\ \n\ \n\ TRP 15\n\ O O1H0u\n\ C C3H0s\n\ CA C4H1s\n\ N N3H1s\n\ CB C4H2s\n\ CG C3H0b\n\ CD1 C3H1s\n\ NE1 N3H1b\n\ CD2 C3H0b\n\ CE2 C3H0b\n\ CE3 C3H1b\n\ CZ3 C3H1b\n\ CZ2 C3H1b\n\ CH2 C3H1b\n\ CEH2 =CH2\n\ \n\ SER 7\n\ O O1H0u\n\ C C3H0s\n\ CA C4H1s\n\ N N3H1s\n\ CB C4H2s\n\ OG O2H1u\n\ OG1 =OG\n\ \n\ THR 8\n\ O O1H0u\n\ C C3H0s\n\ CA C4H1s\n\ N N3H1s\n\ CB C4H1b\n\ OG1 O2H1u\n\ CG2 C4H3u\n\ CG =CG2\n\ \n\ ASN 8\n\ O O1H0u\n\ C C3H0s\n\ CA C4H1s\n\ N N3H1s\n\ CB C4H2s\n\ CG C3H0b\n\ OD1 O1H0u\n\ ND2 N3H2u\n\ \n\ \n\ GLN 9\n\ O O1H0u\n\ C C3H0s\n\ CA C4H1s\n\ N N3H1s\n\ CB C4H2s\n\ CG C4H2s\n\ CD C3H0b\n\ OE1 O1H0u\n\ NE2 N3H2u\n\ \n\ CYS 6\n\ O O1H0u\n\ C C3H0s\n\ CA C4H1s\n\ N N3H1s\n\ CB C4H2b\n\ SG S2H1u\n\ \n\ CSS 6\n\ O O1H0u\n\ C C3H0s\n\ CA C4H1s\n\ N N3H1s\n\ CB C4H2b\n\ SG S2H0u\n\ \n\ HIS 10\n\ O O1H0u\n\ C C3H0s\n\ CA C4H1s\n\ N N3H1s\n\ CB C4H2s\n\ CG C3H0b\n\ ND1 N3H1b\n\ CD2 C3H1s\n\ CE1 C3H1s\n\ NE2 N3H1b\n\ \n\ \n\ GLU 9\n\ O O1H0u\n\ C C3H0s\n\ CA C4H1s\n\ N N3H1s\n\ CB C4H2s\n\ CG C4H2s\n\ CD C3H0b\n\ OE1 O1H0u\n\ OE2 O1H0u\n\ \n\ \n\ ASP 8\n\ O O1H0u\n\ C C3H0s\n\ CA C4H1s\n\ N N3H1s\n\ CB C4H2s\n\ CG C3H0b\n\ OD1 O1H0u\n\ OD2 O1H0u\n\ \n\ \n\ ARG 11\n\ O O1H0u\n\ C C3H0s\n\ CA C4H1s\n\ N N3H1s\n\ CB C4H2s\n\ CG C4H2s\n\ CD C4H2s\n\ NE N3H1b\n\ CZ C3H0b\n\ NH1 N3H2u\n\ NH2 N3H2u\n\ \n\ LYS 9\n\ O O1H0u\n\ C C3H0s\n\ CA C4H1s\n\ N N3H1s\n\ CB C4H2s\n\ CG C4H2s\n\ CD C4H2s\n\ CE C4H2b\n\ NZ N4H3u\n\ \n\ ZN 1\n\ ZN Z2ION\n\ \n\ HEM 39\n\ FE FE\n\ CMA C4H3u\n\ CMB C4H3u\n\ CMC C4H3u\n\ CMD C4H3u\n\ CAA C4H2b\n\ CBA C4H2b\n\ CAD C4H2b\n\ CBD C4H2b\n\ CAB C3H1s\n\ CH C3H1s\n\ CAC C3H1s\n\ CBC C3H2u\n\ CBB C3H2u\n\ NA N3H0u\n\ NB N3H0u\n\ NC N3H0u\n\ ND N3H0u\n\ O1A O1H0u\n\ O1B O1H0u\n\ O1C O1H0u\n\ O1D O1H0u\n\ C1A C3H0b\n\ C2A C3H0b\n\ C3A C3H0b\n\ C4A C3H0b\n\ CGA C3H0b\n\ C1B C3H0b\n\ C2B C3H0b\n\ C3B C3H0b\n\ C4B C3H0b\n\ C1C C3H0b\n\ C2C C3H0b\n\ C3C C3H0b\n\ C4C C3H0b\n\ C1D C3H0b\n\ C2D C3H0b\n\ C3D C3H0b\n\ C4D C3H0b\n\ \n\ \n\ ACE 10\n\ CH3 C4H3u\n\ \n\ ASH 1\n\ \n\ WAT 2\n\ O O2H2u\n\ OW =O\n\ \n\ HOH 2\n\ O O2H2u\n\ OW =O\n\ \n\ DUM 12\n\ OT O1H0u\n\ OXT O1H0u\n\ OT1 O1H0u\n\ OT2 O1H0u\n\ OE O1H0u\n\ NT N4H3u\n\ Z Z2ION\n\ DUM DEFAULT\n\ NDUM N4H3u\n\ ODUM O2H1u\n\ CDUM C4H2b\n\ MG MGION\n\ "